Շուշիի մասին առաջին տեղեկությունը հայտնում է արաբ աշխարհագետ Յակուտ ալ-Համավին (1178-1229 թթ.), որը վկայակոչելով արաբ հռչակավոր պատմագիր Իբն ալ-Ասիրին (1160-1230թթ.) իր "Աշխարհագրական բառագրքում" գրում է` "Քարքարը (Կարկառ) քաղաք է Առանում, Բայլականի մոտ, կառուցված Անուշիրվանի կողմից": Բայլականը Առանի հնագույն քաղաքներից է, գտվում է Արցախի Մուխանք գավառում: Նրա մասին հիշատակել է նաև Ստրաբոնը: Հայտնի է, որ Իրանի Խոսրով Անուշիրվան թագավորը (VI դար) սասանյան հարստության վերջին հզոր տիրակալը, իր կայսրության հյուսիսը ամրապնդելու նպատակով վերակառուցել է մի շարք բերդեր, ամրություններ: Նրան է վերագրվում Դերբենտի (Ճորա պահակ) վերակառուցումն ու երկաթյա դարպասների տեղադրումը: Ինչ վերաբերում է Քարքար-Շուշիին, ապա արաբ աշխարհագիրը "կառուցում" ասելով նկատի ուներ երկուս ու կես կիլոմետր երկարությամբ սարահարթի հյուսիսային կողմում հին ժամանակներից մնացած բերդապարսպի վերակառուցումն ու ամրացումը: Արաբ հանրահռչակ հեղինակներ Իբն ալ-Աթիրի և Յակուբ ալ-Համավիի վկայությունները հաստատում են, որ հենց Անուշիրվանի ժամանակներում է վերակառուցվել բերդաքաղաքը: Իսկ նրա հայկական Քարքար անունը հուշում է, որ այն մինչ Իրանի հզոր թագավորի ժամանակաշրջանը ևս բերդաքաղաք է եղել, որը Մեծ Հայքի հետագա թուլացման հետ իր հերթին անկում է ապրել: Կարկառ գետի անունը ևս վկայում է, որ գետի վրա անառիկ ու հզոր բերդի միակ տարբերակը Շուշիի սարահարթն է: Իսկ գետն իր անունը ստացել է բերդի անունից: Շատ հնում հայերը բերդը "քար" են անվանել:

Բերդաքաղաքի մասին հաջորդ տեղեկությունը հայտնում է Հայաստանի հյուսիս-արևելքի պատմիչ Մովսես Կաղանկատվացին: Նա գրում է. "Երբ լրացավ հայոց 270 թիվը (821 թ.), Պարտավից գաղտնի դուրս եկան արաբ ընտիր մարդիկ, ավարի ենթարկեցին Ամարասի գավառը, և մոտ հազար հոգի գերեվարելով, ամրացան Մեծիրանքի սահմանում մի տեղ, որ կոչվում է Շիկաքար: Այդ ժամանակ քաջ ու շքեղատեսք Սահլի Սմբատյան Առանշահիկ իշխանը և իր քաջազոր եղբայրները իրենց զորքերով լուսադեմին վրա տվին, նրանց բոլորին միասին դիաթավալ արին, ցիրուցան դարձրին և, ինչպես առյուծի ժանիքներից, գերիներին խլեցին": Հետագայում թուրքերի առաջնորդ Բաբեկին ձերբակալելու համար արաբների խալիֆը Սահլ Սմբատյանին նշանակում է Հայոց արևելյան կողմանց (Առան կամ Աղվանք) պատրիկ:
Շուշիի գերեզմանոցի հարևանությամբ սարահարթի թեքության վրա փռված է երեքհազարամյա դամբանադաշտը իր մեգալիթյան կրոմլեխ հուշարձաններով: Ցավոք, դրանք դեռևս չեն ուսումնասիրված: Այդտեղ գտնված իրերը, որ խեցեղենի, արձանիկների մնացորդներ են, հիշեցնում են գիտությանը հայտնի Կուր-արաքսյան խեցեղենը և վկայում են Շուշիի սարահարթում երբեմնի զարգացած մշակույթի, Հայաստանի Էթիունյան քաղաքակրթության ու այդ պետության մի մասը հանդիսանալու հանգամանքը:
13-րդ դարի հայ պատմիչ Կիրակոս Գանձակեցին, իր "Հայոց պատմությունում" հայտնում է, որ Արցախի իշխանաց իշխան Հասան Ջալալյանր մի պատկառելի պատվիրակության հետ 1256 թ. մեկնում է մոնղոլական տիրապետության մայրաքաղաք Կարա-Կորում` Մանգու խանից ետ խնդրելու Կարկառի բերդը, Ջրաբերդն ու Ականաբերդը: Կարկառը նույն Շուշին է:
Հաջորդ տեղեկությունը ստանում ենք շուշեցի գրիչ Տեր Մանուելից, որը 1428 թ. Շուշիի սբ, Աստվածածին եկեղեցում Ավետարան է ստեղծել (Պահվում է Երևանի Մաշտոցյան մատենադարանում): Շուշիում պահպանվել են 8-9-րդ դարերից խաչքարեր, որոնք ևս Կարկառ-Շուշիի գոյության, նրա լիարժեք կյանքի, զարգացած մշակույթի վկայությունն են:
18-րդ դարի առաջին քառորդին շիրվանցի Ավան զորավարը վերակառուցում է բերդի ամրությունները, հիմնում սղնախ, որը Արցախում ստեղծված Հայոց Սղնախներ ռազմական պետության պաշտպանական համակարգի կարևորագույն հենակետերից էր: 1726 թ. աշնանը Շուշիում տեղի ունեցավ ճակատամարտ Օսմանյան Թուրքիայի 40 հազարանոց բանակի հետ, որտեղ թուրքերը պարտվեցին:
Այնուհետև Արցախում իշխում է մելիքական կիսանկախ Խամսա իշխանապետությունը: 1752 թ. Իրանն այստեղ իրեն ենթակա խանություն է հիմնում:
19-րդ դարի սկզբներին Շուշիում հաստատվում են ռուսները: Սկիզբ է առնում մեկ դար տևող խաղաղ ժամանակաշրջան, ու բերդաքաղաքը կտրուկ զարգացում է ապրում, դառնում Կովկասի ծաղկուն քաղաքներից ու հայկական մշակութային կարևորագույն կենտրոններից մեկը:
1920 թ. մարտի 23-ին Շուշիի հայկական թաղամասը հրկիզվում, ավերվում է կովկասյան թաթարների կողմից, հայ բնակչությունը մատնվում է եղեռնի:
1992 թ. մայիսի 9-ին բերդաքաղաքը ազատագրվում է: Այս անգամ ևս պատերազմի հետևանքով այն զգալիորեն վնասվում է: